Nell'inverno del 1939 l'Amministrazione Provinciale di Roma realizzò un rifugio antiaereo, così come stava avvenendo in tutte le principali città italiane, nel primo livello del piano interrato di Palazzo Valentini, scavato in corrispondenza del cortile e in posizione baricentrica rispetto al corpo di fabbrica. Il 1939 fu un anno cruciale per le vicende storiche mondiali: nel mese di settembre l'Italia occupava l'Albania, e nella notte tra il 31 agosto ed il 1 settembre, le truppe naziste invadevano la Polonia, mentre la Francia e l'Inghilterra dichiaravano la guerra alla Germania.

L'Italia rimase apparentemente neutrale alle ostilità, con una non belligeranza che disattendeva le aspettative sancite dal "Patto d'acciaio" politico-militare firmato dai ministri degli Esteri Ciano e Von Ribbentrop. Ma dopo pochi mesi, il 10 giugno 1940, "l'ora delle decisioni irrevocabili" era presa, e l'Italia di Mussolini entrava ciecamente nella Seconda guerra mondiale a fianco della Germania di Hitler, con l'epilogoa tutti noto. Lo scopo era quello di dotare la sede di un ente territoriale di una protezione antiaerea passiva, un rifugio per gli impiegati e il personale della Provincia e della Prefettura in caso di bombardamento diurno o di attacco con le temutissime sostanze chimiche. Timore non infondato, considerato che il palazzo distava un centinaio di metri da uno dei possibili bersagli, oggi si direbbe "sensibili" (Palazzo Venezia, sede del capo del Governo Benito Mussolini).

Il rifugio fu costruito in cemento armato a struttura scatolare, con murature e solai dello spessore di 20 e 40 cm, tali cioè da poter resistere all'impatto al suolo di bombe da una tonnellata ovvero a resistere al crollo del palazzo soprastante. Aveva due gallerie di comunicazione con le rispettive scale della Provincia e della Prefettura, e un cunicolo con uscita di sicurezza mirabilmente scavato sino al Foro Traiano, proprio sotto al solaio in calcestruzzo - vero e proprio bunker a cielo aperto - costruito alcuni anni prima. Aveva un'intercapedine che fungeva da camera da scoppio; al suo interno erano ubicati due grandi ambienti comunicanti, senza dubbio lo spazio dove porsi al riparo e nel quale poter aspettare fiduciosamente e comodamente (magari con reti e materassi) gli eventi, i servizi igenici, la riserva d'acqua, l'infermeria, il magazzino dei viveri, la cabina elettrica e radiotelefonica.

Tutti gli spazi, come all'interno di un sommergibile, erano a compartimenti stagni separabili (in caso di crollo di uno o più ambienti), con portelloni in acciaio con chiusura di sicurezza, spioncino e guarnizioni antigas (porte brevettate dalla Società Italiana Costruzioni Antigas di Roma-Torino). Non meno curato era l'aspetto della permanenza forzata dei rifugiati in caso di necessità. Vi era un ingegnoso sistema azionato per mezzo di due biciclette che garantiva la continuità della circolazione dell'aria. Il punctum dolens della realizzazione del bunker di Palazzo Valentini - avvenuta in tempi ristretti e difficili - pone senza dubbio problemi su come fu indagato e documentato, dal punto di vista archeologico, un sito così importante come il cortile: punto chiave per la comprensione e la definizione urbanistica dell'area del Foro Traiano.

Le relazioni di scavo stese dai funzionari della Soprintendenza registrano solo rinvenimenti sporadici di elementi architettonici, quali grossi frammenti di colonne di granito del diametro di circa m 1,80, non estratti, un blocco di peperino (m 1,05 x 1,70 x 0,70) e vari marmi, tra i quali una grande mensola e un frammento di cornice non meglio descritti, sollevati e collocati nell'area adiacente la Colonna Traiana.

La valorizzazione del bunker di Palazzo Valentini con la sua architettura così scarna e antiretorica, finalmente recuperato nei lavori di restauro, dopo che un deplorevole stato di abbandono ne aveva portato persino all'oblio e allo smantellamento, è oggi destinato a divenire uno spazio espositivo e parte integrante del percorso di visita dalla Colonna Traiana agli scavi archeologici delle domus al suo interno; ma è al tempo stesso museo di se stesso, per non dimenticare i tempi calamitosi e gli eventi che lo hanno portato a conclusione. Una volta restaurato (anche in ciò che resta delle minute attrezzature), andrà ad aggiungersi agli altri rifugi antiaerei coevi visitabili a Roma: il bunker di Villa Torlonia (residenza privata di Mussolini dal 1925 al 1943) e quello dell'Eur, sotto il Palazzo Uffici.

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